Genomics Custom Service
　Microarray Service 基因表現研究服務

　 產品特色

由全亞洲唯一獲得Agilent 認證之晶片服務實驗室提供最專業的晶片實驗分析服務，從樣品QC品檢、螢光標定反應、晶片選擇、雜交反應，至晶片結果掃瞄、影像數據分析等…，全程採用Agilent原廠建議之設備與實驗方法，提供給您最佳化的實驗品質與成果。

　 服務種類

• 基因表現晶片實驗分析服務 - Gene expression microarray
• 基因體雜交比較晶片實驗分析服務 - aCGH (array Comparative Genomic Hybridization)
• 客製化晶片實驗分析服務 - Custom microarray
• 其他相關附加服務– LCM、RNA linear amplification、Nucleic acid purification

　 送樣須知與相關表單下載

• 送樣流程說明
• 相關表單
• 參考資料
  

基因表現晶片實驗分析服務　Gene expression microarray

產品特色

• 僅需 5ug 以上的 Total RNA，即可提供基因表現晶片實驗分析服務。
• 採用 Agilent 專利噴墨原位合成技術 (in situ inject printing) 的 60mer Oligo 晶片，比起一般 25mer 形式晶片靈敏度提高 5~8 倍。

Agilent 晶片種類

　※其他物種晶片或 Gene List 請連結至Agilent 網頁資訊下載查詢，或請洽伯森客服部。

實驗流程

　Step 1. 製備 Total RNA

• 依不同樣品形式進行後續處理，最終產物為Total RNA。

　Step 2. Total RNA 品質檢測

• 採用NanoDrop進行RNA量、濃度與純度之測量，其靈敏度可達5ng/ml，受測體積僅需1ul。
• 以Agilent Bioanalyzer 2100 微流體電泳系統搭配RNA 6000 nano labchip或RNA 6000 pico labchip
  提供符合國際期刊所需之標準值檢測，包含：28S/18S ratio以及RIN (RNA Integrity Number) RNA完整度測量。
• 需符合下列標準方可進行後續實驗。

　Step 3. cRNA 放大暨螢光標定反應

• 將樣品RNA合成雙股cDNA之後，以In Vitro Transcription放大合成cRNA同時以Aglient Labeling系統線性放大反應合成標定Cyanine 3 / Cyanine 5 -CTP的cRNA樣品。(詳細實驗原理與流程)

　Step 4. 雜交反應

• 兩種標定的cRNA樣品和基因晶片進行約十七小時之雜交反應(Hybridization)。

　Step 5. 數據分析

• 影像分析及實驗數據結果輸出。

　Step 6. 發送報告

• 實驗分析報告包含下列內容，其中1~3項將燒錄於光碟中，第4項則為文件形式。發送報告後，將有技術專員可提供免費報告解說服務。
  
  1. 影像檔案。
  2. 基因表現比值(Gene expression ratio)：包含原始數據及比值>2或<0.5兩種形式。
  3. 基因註解。
  4. Microarray information (MIAME)。

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基因體雜交比較晶片實驗分析服務 - aCGH (array Comparative Genomic Hybridization)

產品特色

• 僅需 0.5~4ug 的 Genomic DNA，即可提供基因體雜交比較晶片實驗分析服務
• 採用Agilent專利噴墨原位合成技術 (in situ inject printing) 的60mer Oligo晶片，探針序列設計除了經電腦程式考慮其Tm值、二級結構、序列特異性等…變異因素之外，其晶片效能更已驗證刊載於國 際期刊 PNAS (※至目前為止已有多篇文獻採用Agilent array CGH進行研究成果發表，詳細論文資訊可參閱 Agilent 網頁資訊)
• 適用於偵測染色體 Copy Number 之變化

Agilent 晶片種類

• 目前提供Human與Mouse兩種物種來源之aCGH晶片產品，其規格可參考下表所示，詳細Gene List請連結至Agilent網頁資訊下載查詢，或請洽伯森客服部。

實驗流程

　Step 1 製備 Genomic DNA

• 依不同樣品形式進行後續處理，最終產物為Genomic DNA。

　Step 2 Genomic DNA品質檢測

• 採用NanoDrop進行DNA量、濃度與純度之測量，其靈敏度可達5ng/ml，受測體積僅需1ul。
• 以Agilent Bioanalyzer 2100 微流體電泳系統搭配RNA 6000 nano labchip或RNA 6000 pico labchip
  析DNA完整度。
• •需符合下列標準方可進行後續實驗。

　Step 3 螢光標定反應

• 以Aglient Labeling系統合成標定Cyanine 3 / Cyanine 5 -dUTP的gDNA樣品。(詳細實驗原理與流程)

　Step 4 雜交反應

　Step 5 數據分析

　Step 6 發送報告

• 實驗分析報告包含下列內容，其中1~3項將燒錄於光碟中，第4項則為文件形式。發送報告後，將有技術專員可提供免費報告解說服務。

1. 影像檔案 (scanning image)
2. 染色體圖 (chromosome view)
3. 原始數據及統計分析
4. Microarray information (MIAME)

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客製化晶片實驗分析服務　Custom Microarray

產品特色

• 採用Agilent專利噴墨原位合成技術 (in situ inject printing) 的60mer Oligo晶片，比起一般25mer 形式晶片靈敏度提高 5~8 倍。
• 可自行設計探針序列或上網註冊查詢選定資料庫中特定之基因探針群。

• 根據不同探針數量，可自行選擇客製化晶片規格， 如：22K~244K、2x105K、4x44K、8x15K。
• 可應用於基因表現量分析、基因體雜交比較分析等實驗。
• 接受單一晶片之訂製。

客製化流程

　Step 1. 選定RNA或DNA應用實驗

　Step 2. 決定樣品物種來源

　Step 3. 設計探針序列 (自行設計或自資料庫中選定特定基因探針群)

　Step 4. 選定晶片規格

　Step 5. 設計晶片上探針分佈位置 (Layout)

　Step 6. 聯絡伯森送交客製化晶片訂單

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其他相關附加服務　LCM、RNA linear amplification、Nucleic acid purification

為便利客戶，我們同時提供晶片分析實驗的其他相關服務，包含：LCM雷射微組織細胞擷取服務，RNA線性放大服務，以及代為自細胞、組織或血液檢體中萃取純化Total RNA或Genomic DNA樣品之服務。詳細訂購資訊請洽伯森客服部。

送樣流程說明

• 詳閱樣品製備建議

• 填寫樣品送件表單

• 聯絡伯森收件

• 收件時間：每週一至週三

• 送件時請核對送件表單中所填寫的樣品名稱與實際樣品管蓋標示是否相符

 

相關表單

• Gene Expression Microarray 樣品製備建議

• aCGH 樣品製備建議

• Microarray Service 樣品送件表單

參考資料

• Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation. Nucleic Acids Res. 2002 Feb 15;30(4):e15.

• Rapid isolation of cancer cells from tumor tissue by micromanuiplator and extraction of tiny amount of RNA. Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao. 2002 Jun;22(6):551-3.

• Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer. Nature. 2002 Jan 1;415(6871):
  530-6.

• Gene Expression profiles of human breast caner progression. Proc Natl Acad Sci USA. 2003 May 13;100 (10):5974-9.

• Performance comparison of Agilent's 60-mer and 25-mer in situ synthesized oligonucleotide microarray.

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